شاید a99 Mark II از لحاظ ظاهری بسیار شبیه نمونه قبلی خود باشد ولی تغییرات زیادی در داخل این دوربین صورت گرفته است. در ادامه به بررسی کامل این تغییرات و برتری این دوربین نسبت به دوربین‌های مشابه خواهیم پرداخت.
حسگر این دوربین از تفکیک‌پذیری فوق‌العاده ۴۲ مگاپیکسل برخوردار است. این حسگر از نوع CMOS است. بنابراین a99 II در بین دوربین‌های قطع کوچک دارای رزولوشن بسیار بالایی است.
سیستم فوکوس با استفاده از یک حسگر PDAF و اطلاعات ثبت‌شده توسط حسگر دوربین به روش تشخیص فازی بهینه‌ترین عملکرد را دارد. حسگر PDAF این دوربین که منحصراً برای دوربین‌های DSLR طراحی شده به ۷۹ نقطه فوکوس مجهز است که ۱۵ نقطه مرکزی آن از نوع کراس هستند. نقطه فوکوس مرکزی این حسگر قابلیت کار کردن در شرایط نوری ضعیف معادل -4EV را دارد. به‌علاوه مابقی نقاط فوکوس همگی از نوع افقی هستند. این در حالی است که تمامی ۳۹۹ نقاط فوکوس روی حسگر اصلی دوربین از نوع عمودی هستند. کنار هم قرار گرفتن این دو سیستم در کنار هم فوکوس خودکار را به معنای واقعی در بسیاری از شرایط دقیق و پرسرعت کرده است. این فناوری درواقع همان روش فوکوس خودکار Hybrid Cross Type سونی است که سیستم اتو فوکوس این کمپانی را نسبت به کمپانی‌های دیگر یک سر و گردن بالاتر قرار داده است.
a99 Mark II می‌تواند تصاویر را با سرعتی معادل ۱۲ فریم بر ثانیه با بهترین کیفیت به ثبت برساند. این عدد برای رزولوشن‌های پایین‌تر و بدون فوکوس خودکار تا ۶۰ فریم بر ثانیه نیز افزایش می‌یابد.
سونی منوی تنظیمات خود را در این دوربین تغییر داده است تا بسیار ساده‌تر به پارامترهای مربوط به دوربین دسترسی داشت. به‌عنوان‌مثال تمامی تنظیمات مربوط به فیلم‌برداری در یک پنجره قابل مشاهده است. تب‌های تنظیمات دوربین بر اساس کارایی خود رنگ‌بندی شده‌اند تا بتوان آن‌ها را راحت‌تر به خاطر سپرد.
a99 Mark II مانند نسخه قبلی به یک نمایشگر MultiHinged مجهز است . نکته عجیب در مورد این صفحه LCD آنجاست که برخلاف دوربین‌های جدید دیگر، لمسی نبوده و باید با یک سری دکمه تنظیمات دوربین را کنترل کرد. نمایشگر این دوربین قابلیت چرخش نیز دارد که تصویربرداری از زاویه‌های مختلف را ممکن کرده است.
از تغییرات گسترده‌ی دیگری که بر روی این دوربین انجام‌شده است می‌توان به افزایش سرعت پردازشگر در خوانش تصاویر اشاره کرد. همچنین بعد از ثبت تصاویر پیوسته در حالت Burst با کمترین وقفه اولین عکس گرفته‌شده به نمایش گذاشته می‌شود.
